„Missa brevis in F. in Partitur. Diese war die erste Messe, welche Herr Haydn noch als Student komponirte“, lautet eine Eintragung in dem Verzeichnis von Haydns musikalischem Nachlass. Um 1798/99 verzeichnete Haydn das Werk ohne Incipit in seinem Entwurf-Katalog als „Missa brevis in F. / a due Soprani“. Um 1805/06 ergänzte er auf der Titelseite der Orgelstimme eines von seinem Kopisten Johann Elßler abgeschriebenen Stimmensatzes den Titel „Missa.“ in zittriger Altersschrift mit: „Brevis / di me Giuseppe Haydn mpria / 1749“. Diese Datierung, die früheste, die sich bisher auf einem Werk Haydns gefunden hat, entspricht dem Titel des Haydn-Verzeichnisses, der das 18. Lebensjahr Haydns, also 1749/50, als den Ausgangspunkt seiner Tätigkeit angibt: „Verzeichniß aller derjenigen Compositionen welche ich mich beyläufig erinnere von meinem 18ten bis in das 73ste Jahr verfertiget zu haben.“

Im Jahre 1805 beabsichtigte Haydn, der ursprünglichen Instrumentierung von zwei Geigen und beziffertem Orgelbass weitere Instrumente hinzuzufügen. Spätestens am 15. Februar 1806 war die erweiterte Instrumentierung fertig, wie aus einem an diesem Tage geschriebenen Brief des Haydn-Biographen Georg August Griesinger hervorgeht. Ob jedoch der Dreiundsiebzigjährige die Bearbeitung selber durchführte, ist keineswegs sicher.