Der Name der „Missa Sancti Nicolai“ verweist auf die Entstehung der Messe zum Nikolaustag des Jahres 1772. Alljährlich wurde an diesem Tag, der gleichzeitig auch der Namenstag des Fürsten in Esterházy war, eine Messe aufgeführt und man vermutet, Haydn habe mit der Komposition dem Fürsten für die endlich erteilte Erlaubnis zur Rückkehr nach Eisenstadt danken wollen. Einige Jahre nach ihrer Enstehung wurden auch der Nicolaimesse Trompeten- und Paukenstimmen zugesetzt. Ebenso wie bei der „Großen Orgelsolomesse“ stammen diese Stimmen nicht von Haydn selbst, wurden aber von ihm gebilligt. Daher erscheinen sie sowohl in der Partitur als auch im Aufführungsmaterial, was die Wiedergabe beider Fassungen ermöglicht.